一、日本高质量产业技术创新衰退期之研判
1.日本经济衰退研究中遭忽视的创新动因
自20世纪90年代初泡沫经济破灭后,日本经济进入了长期低迷的状态，日本经济失去论，日本制造失去论（衰退论）时常被提及、探讨。如在2023年，日本野村证券首席经济学家辜朝明提出的“资产负债表衰退”的理论在我国引起广泛关注。辜朝明认为，私人部门的高负债导致个人或企业普遍地偿还债务以增加储蓄，而不是消费或投资。但私人消费与企业投资是GDP增长的关键成分，私人不消费，企业不借钱投资，导致经济增长放缓或下降，日本制造业的全球竞争力也出现下降。
日本衰退是不争的事实，但其原因是复杂的。目前，围绕日本长期衰退的观点主要是从需求萎缩、老龄化和少子化、资产负债表衰退、制造业竞争力下降等维度进行研究分析，鲜有人从产业技术创新层面的长期衰退的角度研究分析。这或许是源于人们在主观上认为20世纪80年代以前的日本技术主要依赖从西方进口，加之，日本于20世纪中后期在基础研究层面取得的成就在21世纪开花结果——21世纪以来日本获得诺贝尔奖的人数达到19人，因此忽视了对日本在产业技术创新层面出现衰退的关注。
2.为何说日本创新同样“失去了20年”？
通过统计、追迹日本《特定国立研究开发法人研究开发等促进相关特别措施法》认定的全部三家“特定国立研究开发法人”——产业技术综合研究所（于2001年由工业技术院改组而来，下简称“产综研”）、理化学研究所（下简称“理研”）、物质与材料研究机构（金属材料研究所与无机材质研究所）在1950~2022年间获得的产业技术创新表彰的获奖发明及其发明年份时发现，在1980~1999年间这三家国立科研机构的产业技术发明的获奖数量先后出现了减少的现象，其中特别是在1988~1997年间，三家科研机构的获奖数量进一步断崖式减少。
有必要提及的是，在获奖的发明中，发明人含大学学者的获奖数量在20世纪中后期也出现了减少的现象，目前仅通过更易于确认发明年份的全国发明表彰（该奖项考核的对象为专利）的数据看，该类获奖人的数量在20世纪70年代就出现了大幅减少，在20世纪70年代的获奖数量为4件（20世纪60年代为15件，80年代为3件）。值得一提的是，在后述的由日本未来工学研究所评出的日本电子技术领域113件重大产业技术创新（1945~1980年间）中，大学学者的数量在20世纪70年代也出现了明显的减少。
抛开大学学者获奖数量下降的现象暂且不谈，针对产业技术创新层面出现的问题，日本政府于20世纪90年代中后期进行了创新政策调整，并在财政入不敷出的局面下于新千年后对科研院所实施了一刀切式的改革。在此背景下，前述三家国立科研院所的获奖数量一度出现了爆发式的增长。只是好景不长，随着时间的推进，一刀切式改革的负面效果开始显现，三家国立科研院所的获奖数量在21世纪00年代中期再次出现下滑。
不言而喻，曾经通过为企业界供给诸如光刻机、光刻胶等高质量产业技术创新成果，在产业技术层面促进日本制造业高质量发展的三家国立科研院所的产业技术创新出现衰退，这种衰退对巩固日本制造业可持续发展的影响是巨大的。而如果将从优中选优中脱颖而出的获奖发明视为高质量的产业技术创新，从获奖发明的数量走势上看，三家国立科研院所的高质量产业技术创新在1980~1999年间，整体上出现了一个长达20年的衰退期。如果考虑到获奖数量在21世纪00年代中期再次出现下滑，一些研究所的高质量产业技术创新的衰退期则长达“20年+”。但在愈发激烈的国际竞争下，高质量产业技术创新数量的原地踏步即是倒退，长期衰退的机会成本是不可估量的，更何况从1到10，从10到100的时间并不短暂，长达十数年、数十年也并不罕见。
那么，是什么制约了上述三家国立科研院所的高质量产业技术创新，为何高质量产业技术创新出现衰退？国立科研院所产业技术创新的外部环境与政策发生了哪些变化，其研发结构又出现了哪些变化？
二、日本创新机制的第一次改革：以牺牲应用研究为代价的研发结构大转变
1.第一次改革前日本研发投入的结构特点
如图2所示，在日本作为后发国家赶欧超美、从价值链低端向高端攀升的1965~1979年间，实际上也是日本科研院所的应用研究支出占比最高的时期。在该期间，应用研究支出占比呈现了一个“倒钩字”形的走势，平均支出占比为39%，并且，应用研究支出与基础研究支出的数据间似乎存在着某种协调性，基础研究支出占比也呈现了一个“倒钩字”形的走势。而且，此时期日本的基础研究也是以目的基础研究为中心。
此处有必要说明的是，与基础研究处于创新链的最前端,成果主要以论文形式表现,具有公共物品属性（全球共有财产）且“（全球的）科学家间彼此在先前的研究基础上进行改进，而不必担心侵权责任”不同，应用研究是基础研究走向产品的桥梁，从应用研究做起可以缩短产品的开发时间，这也是后述的欧美对日本“基础研究搭便车”的一个主要原因。而且，应用研究的成果很可能是对产业发展具有促进意义的关键核心技术，又多以专利的形式表现。而且，专利权具有私权属性（以及地域性、时间性），基于他人有效专利的改进如果不获得他人许可，其改进行为很可能涉及侵权，这也使得研究活动最早有机会取得专利的应用研究阶段的成果更为重要，也容易成为“卡脖子”的起点。
如美国国家科学研究委员会的一项委托研究显示，在1953-1973年间，由美国企业创造的277项重大创新中的205项技术源头涉及应用研究，技术源头涉及基础研究的为109项，另外在其中的198项“激进性创新”中，技术源头涉及应用研究的为188项，涉及基础研究的为103项，应用研究的数量高于基础研究。
2.改革的序幕：美英指责日本“基础研究搭便车”
应用研究虽然重要，日本科研院所对应用研究的高投入却在1980年后戛然而止，这与日美关系存在较强的关联性。
彼时，因为日本科研院所在应用研究、试验发展上的高投入引起了以美国为首的西方国家的不满与警惕。为照顾美国方面情绪，日本在20世纪70年代末出现了与美国共同开展基础研究的迹象。如在1979年，日本政府指派理研与美国科研机构进行了一项长达十年的联合研究。只是，实际的研究内容与理研最初通过项目课题预判的科研内容大相径庭。
据理研的八十八年史记载：尽管最初是作为目的指向明显的主题立项的，但随着日美之间对可能实施的合作主题进行具体调整，基础研究色彩逐渐增强，最终“光合基础过程”等与项目研究关系较远的主题成为合作的实际课题。这种背离是因何产生的？文部省和美国不也存在《劝进帐》(善款账单)吗？也就是说，知道生物氢气生产绝非易事的人（可能是美方人员）是日美合作计划制定的中心人物，并一语道破了日美间的合作目前只能在基础研究方面进行。
当时间迈入1980年，日美半导体贸易收支逆转等原因让日美贸易摩擦陡然升级，美国出现了“Japanbashing（打倒日本）”的声音，并愈演愈烈。而在此过程中，日本的研发活动也成为欧美批评着眼点——从最初揶揄日本“技术搭便车（特指大量的专利进口）”到批评日本在基础研究方面国际贡献不足，基础研究优秀但应用研究逊色、诺贝尔奖获得者辈出的英国，其时任首相撒切尔夫人2在访问日本时宣称日本“基础研究搭便车”，而基础研究搭便车自1985年起连续多年出现在日本国会的讨论中，并成为《日美科学技术合作协议》、日美结构协议会的重要争论点。
3.改革的本质：欧美合围下的屈服
欧美的日本基础研究搭便车的观点至晚在1980年5月就已出现在日本的专业期刊中，进一步在1982年6月出现在日本大藏省的半官方报告《经济摩擦与日本的应对：边界政策和边界行政会报告》中。而且，该报告不仅提及了欧美认为日本基础研究搭便车一事，还有如“前几天美国财政部长说：‘日本人就像牧羊犬，友好但容易激动和反应迟钝。如果不卷起报纸使劲敲打头部，就不会行动’”“据说名古屋的一位财界人士访问法国时，法国贸易部长约伯特指出：如果日本和苏联从地球上消失，我们就可以幸福地生活”等对日本极尽侮辱的言论，这些言论也在日本国会上被拿出提及。
欧美的合围之势让日本诚惶诚恐。为避免孤立于国际社会，为了消除以美国为首的西方国家对日本“基础研究搭便车”的指责，加之日本国内呼吁日本政府加强日本在基础研究方面的国际贡献的呼声愈加强烈，同时，日本政府也很可能在基础研究成果转化的时间问题出现误判，在压力与裹挟等多重因素下，日本政府对基础研究的重视更上一个台阶。
进一步在1985年，日美间的知识产权摩擦爆发，“转向基础研究”一词在日本国内出现。同年，当时隶属于通商产业省所（现为经济产业省）的工业技术院（产综研的前身）内部已开始探讨如果研究过度“转向基础研究”，是否是步欧洲后尘并造成产业技术竞争力下降的问题。
“转向基础研究”的方针在1988年尘埃落定，其标志性事件是日本与美国于1988年签署《日美科学技术合作协议》——“明确日本和美国在为世界未来繁荣和福祉做出贡献方面负有共同责任，应更加努力地加强各自的研发政策，创造基础性知识，确保知识产权保护以维护合作创新的价值……保持对基础研究的长期投资……”。
4.改革的后果：高质量产业技术创新能力直线下降
自日本基础研究搭便车的批评传入日本，到该观点出现在日本国会的讨论中，再到“转向基础研究”一事尘埃落定，日本科研院所的研发结构发生了极为明显的变化，特别是出现了以牺牲应用研究为代价的研发结构变化。
其中，基础研究支出占比在波动中上升，在2003年达到了最高的28.8%，与此同时，试验发展支出的占比长达20年处于50%以上的水平。相对，日本科研院所的应用研究支出占比出现了连年下降的局面，到1996年下降到历史最低点的24.3%，比1979年的41.3%下降了17%，比1965年的49%减少了二分之一。
为何科研院所在试验发展层面的支出占比长期如此之高，尚有不得知之处，但随着“转向基础研究”，研发结构发生巨大变动，应用研究支出占比大幅下降，受此影响的相关科研院所的高质量产业技术创新的数量出现下滑，高质量产业技术创新成果出现青黄不接、后继乏力。
其中，受影响最为深远的是产综研。产综研的正式职员虽然高达3000多人，但在1984~1996年（1997年数据无）的十数年间，产综研在前述七项产业技术创新奖项中竟然颗粒无收。同样，正式职员只有五六百人（1960-2003年）的理研在1988-1996年间也是颗粒无收，正式职员数量更少的物质与材料研究机构在1998~2000年间（不含1997年）则获奖一次（1995年）。整体上，三家国立科研院所在20世纪50年代获奖的发明（含共同发明）为16件，60年代为21件，70年代为27件，但在80年代降为13件，90年代仅为5件。
三、日本科研院所在重大技术进步中的角色与意义
1.电子技术领域日本科研院所的关键性作用
那么，获奖数量——即高质量产业技术创新的大幅下降对日本产业有何影响？这里有必要介绍一下日本科研院所在产业重大创新中的角色与意义。
先以具体技术领域为例。如在电子技术领域，日本未来工学研究所曾评选出1946~1980年间日本电子技术领域的113件重大创新，并将这些技术创新按照如技术进步程度等的不同，分成了A、B、C的三类。
在这113件创新中，由国立系科研院所创造的是38件（含共同研发），由大学创造的是22件（含共同研发），由私营企业创造的是61件（含共同研发）。整体上看，私营企业创造的件数居首，是重大创新的领头羊、主力军。但从分类数据看，在私营企业的61件创新中，一半以上是集中在(约54%)C类创新（如图1-2所示），C类创新的数量是前两类机构的三倍；但在B类创新方面，私营企业是九件，国立系科研院所、大学在B类创新的数量之和与私营企业相同，这意味创新的主体已从C类时私营企业的一家独大,变为在B类时私营企业与学研平分秋色，而且，国立科研院所的件数几乎与私营企业相差无几，国立系科研院所的创新供给的角色；而在A类创新方面，产、学、研形成了三足鼎立的格局，且处于该类创新数量首位的是国立系科研院所。这意味，从C类到A类，该时期日本电子技术领域的创新格局随着技术进步程度等的不同而发生较大变化，并且，技术进步程度越高的分类，国立系科研院在其中的分量就越重，某种意义上也就意味其对产业升级的促进作用越大，对企业等产品创新的技术支撑就越大。
彼时，日本在电子技术领域有三大成绩显著的国立系研究所，一是成立于1948年、1953年后隶属于当时日本邮政省（相当于我国曾经的邮电部）日本电信电话公社、前身为于1891年成立的递信省（后为邮政省）电气试验所通信部门的“电气通信研究所”；二是成立于1930年、由当时邮政省主管的日本放送协会综合技术研究所；三是成立于1948年、前身为递信省电气试验所电力部门、隶属于产综研前身工业技术院的电子技术综合研究所（该所成立时的名称为电气试验所，1970年更名为电子技术综合研究所，下简称“电综研”）。
其中，电综研虽然是以电气试验所的电力部门为主体创建，且业务范围被定为“除电气通信以外的一般电气工学的研究与试验”，但贝尔实验室发明晶体管的消息传到日本后，察知该发明重要意义的电综研并不想与这一新领域无缘，遂先是在材料部物理科进行小规模的基础性研究，后于1954年设立电子部，倾注资源在微电子领域展开了大规模研究，并与电气通信研究所在微电子领域形成了竞争。而从数据上看，虽然电综研在通信领域不如日本电信电话公社，在广播电视领域不如日本放送协会综合技术研究所，但在半导体器件、制造及其他领域所扮演的角色极为重要。
整体上看，A类创新成果为日本企业抢占科技竞争制高点，掌握技术主动权提供了有力支撑。例如，由电综研的垂井康夫 团队于1969年发明的DSA-MOS晶体管（被评为A类创新成果）成为此后功率半导体技术的基础，日本的三菱电机、日本电气、夏普、松下电子、东芝、威世（Vishay）等多数晶体管厂商都与工业技术院签署了相关专利的实施许诺协议，东芝也成为第一个实现量产的企业。目前，电动汽车使用的IGBT功率半导体的也是采用了DSA-MOS的构造。还如，由垂井康夫团队于1967年发明的电子束光刻机用掩膜版对准方法（被评为A类创新成果），在十年后的超大规模集成电路联合研发项目中大放光彩，尼康、佳能也凭借该技术及自身积累，在20世纪80年代中期成为全球光刻机市场的头部企业。
2.日本科研院所在其他领域的角色与意义
以产综研的前身工业技术院为对象来看，该院曾有16家研究分支，除了电综研的垂井康夫团队在半导体器件及其制造领域为日本企业界提供技术种子，助力日本企业占据技术优势外，电综研的两位研究员曾于1975年发明了由稀土元素钐、镨及钴构成的强力永磁制造技术，该发明于1983年获得了全国发明表彰奖项中的“朝日新闻发明奖”，并在1992年初仍位居工业技术院（产综研的前身）累计专利授权收入的第九位（1.41亿日元），另据产综研发布的资料，该发明对住友特殊金属此后开发的永磁之王“钕铁硼”起到一定促进作用，为电子产品的小型化和高性能化作出重要贡献。
此外，工业技术院纤维工业试验所一位从事乙烯基吡咯烷酮（VP）研究的研究员，于1965年成功合成了分子量高达一万左右的聚合物。在此基础上，该研究员又历时三年明确了原本完全不清晰的VP聚合性，与该研究员长期接触的一家日本企业也领先于世界成功实现了聚乙烯吡咯烷酮(PVP)的工业化。目前，PVP活跃在各种功能树脂领域，在半导体领域也常被用作载流子传输材料、包埋剂、润湿剂和胶粘剂等。除此之外，基于在VP领域的研究积累，该研究员与东京应化于20世纪70年代初，成功开发出了分辨率可达lum以下（当时业界认为分辨率在3um已是极限）的全球分辨率最高的光刻胶，并成为日本最早100%基于国产技术的半导体用光刻胶。1977年，该研究员与东京应化因在“超微细加工用光刻胶”上的合作，共同获得了为奖励有突出贡献产学研合作成果而设立的井上春成奖。2021年，东京应化在全球光刻胶市场的占有率为27%，排名第一。
另外，工业技术院的大阪工业试验所（2001年更名为产综研关西中心，下简称“大工试”）主要致力于精细化工材料、物理类材料、新能源领域的产业技术研究。其中，该所研究员后藤昭男于1959年发明了PAN基碳纤维，相关专利的技术转移收入在1992年初位居工业技术院（产综研的前身）累计专利授权收入的第六位（2.27亿日元）。而近水楼台先得月的日本东丽历经十数年突破了该技术的死亡之谷，并至今仍在全球碳素纤维市场占据头部地位，东丽等三家日本企业的全球市场份额高达60%以上。
不仅如此，大阪工业试验所两位研究员腾部能之与腾部倭子（两人为夫妻）于1969年，将各自擅长的真空技术与光学技术相结合，开发出了性能比传统的氧化锡等透明导电膜性能优越的氧化铟透明导电膜（该导电膜现被称为ITO）制造技术。该技术奠定了此后整个电子显示技术的发展基础，特别是推动了于19世纪末被发现的液晶的实用化发展，成为了液晶显示产品化的突破口技术，相关专利的技术转移收入在1992年初位居工业技术院（产综研的前身）累计专利授权收入的第二位（6.93亿日元）。而基于ITO制造技术，日本的夏普公司于1973年4月成功开发出了全球第一台液晶计算器。目前，ITO被广泛应用于液晶显示器、LED、太阳能电池、抗静电膜和触控面板等领域，是这些领域最常用的薄膜材料。
3．科研院所研发结构变化导致创新供应链“塌方”
综合上述内容可知，在20世纪中后期，日本的一些国立系科研院所与大学、企业同为重大产业技术创新的主力军，甚至扮演着重大产业技术创新领头羊的角色，并通过为日本企业界提供高质量的创新成果，促进了日本企业界的重大产品创新，在产业技术层面有力支撑了日本制造业的高质量发展。
日本这些国立系科研院所以及大学在企业界重大产品创新中扮演的角色，并非日本的独家特色，最起码目前已不是。如日本经济新闻中文网在题为《技术创新的主角应是政府，还是企业？》一文中援引玛丽安娜·马祖卡托 （英国伦敦大学学院教授）的研究指出：美国大型制药企业和美国苹果等部分企业的不少技术创新都来源于公共研发部门。如美国苹果公司的IPhone等产品所采用的技术创新几乎全部由美国政府旗下的国防高级研究计划局（DARPA）等公共机构开发和创造”。
然而，随着日本科研院所的研发结构发生巨大变动，应用研究支出占比大幅下降，产综研（即其前身工业技术院）、理研等一些科研院所的高质量产业技术创新的数量出现大幅下滑，产、研间的创新供应链塌方。
可以反映产、研间创新供应链塌方的是日本科研院所对企业界的技术转移的收入情况。具体如图4所示，在1974年，工业技术院的技术转移收入达到进入21世纪以前的最高水平（4.9亿日元），这除了是新发明带来了新的技术转移收入外，更多的应该是如PAN基碳纤维、ITO制造技术等1955~1974年间的重大发明签署了新的专利实施许可合同的产物。在1976~1989年间，工业技术院的技术转移收入在波动中小幅增加，但1990~2000年间，工业技术院的技术转移收入出现了大幅下滑，其中在2000年降到了0.48亿日元。
为何工业技术院的技术转移收入已不足1974年的十分之一？这实际上是1981~2000年间工业技术院的高质量产业技术创新匮乏，无法满足企业界的技术需求，企业界不愿意买单的结果。与此同时，也意味着工业技术院与企业间的技术转移关系在此期间愈发稀薄。而与工业技术院的情况近似，理研的技术转移收入在1980年达到了1.84亿的历史最高值，此后呈现了极为不规律的波动式下降，2000年降为0.32亿日元。
四、日本创新机制的第二次改革：效果与制约
1.20世纪90年代中后期开始的第二次改革
针对日本政府“转向基础研究”的方针政策以及这一背景下的工业技术院，原东京大学校长、工业技术院改组成产综研后的第一任理事长吉川弘之 曾痛惜地表示：
我国在采取重视基础研究这一正确政策的同时，是通过刻意忘记原本与基础研究并不矛盾的知识利用的特长，来显示国家对基础研究的重视。并且，当我国在不断地努力回避因对知识利用太好而招来的批评时，世界形势已经完全变了，出现了竞争着进行知识利用的情况。进入20世纪90年代后，海外诸国开始探索通过使用新产生的科学知识来振兴产业，通过产学协同、公共项目等，出台了制度层面促进知识利用的举措。这是一个相当严重的问题。
“转向基础研究”对工业技术院各研究所的研究产生了强烈的影响。工业技术院下属的研究所全部都进行基础研究，在研究活动中，重视基础研究的倾向越来越强。虽然这种积累是宝贵的，但另一方面不可否认的是，研究所自明治以来培养的为振兴产业而固有的使命，目前应如何履行这一角色已变得模糊不清。我们要在完成国际高度认可的基础研究的同时，助力我国现实产业振兴。这是明治以来工业技术院各研究所的目标，回到原点。
而针对国内外新的技术形势，以及基础研究成果转化难的问题，日本政府被迫接受现实，“转向基础研究”的方针也于20世纪90年代中后期向“转向实用化”转变。并针对国立科研院所出现的一些弊病，进行了体制机制改革。
例如，2001年初，工业技术院被改组为产综研，2001年4月，基于以英国行政体制为蓝本出台的日本《独立行政法人通则法》（1999年7月16日法律第103号），产综研与其他省厅所属的110家科研院所也过渡为独立行政法人组织，组织目标被设定为“效率并有质量”。
“转向实用化”新方针的效果可用立竿见影来形容，加之，过渡为独立行政法人后国立科研院所的改革在初期也较为有效，如产综研等成立后，为纠正对基础研究的过度倾斜、促进科研成果转化，科研人员的业绩评价从以论文为中心变更为专利数量（后变为专利的国内实施许可合同件数）与论文同等地位，并为提升科研人员的知识产权意识，成果转化收益分配也进一步向有利于科研人员的方向进行了调整。
因此产综研、物质与材料机构、理研在前述七项产业技术创新奖中的获奖数量在进入新千年后一度出现了井喷式的增长，在2000~2004年间三家国立科研院所的获奖数量为17件，2001~2004年间的技术转移收入也大幅增加。
怎奈好景不长，在2005~2009年、2010~2014年间，三家国立科研院所的获奖数量分别为8件、11件，产综研、理研的技术转移收入也在两个时间段分别出现了停滞和下降（如图4所示，在2008年产综研技术转移收入出现高增长，其原因收到了一亿日元的专利使用侵权赔偿）。
2.第二次改革昙花一现的原因
为何2005~2014年间的获奖密度会远低于2000~2004年间？为何技术转移收入会停滞进而下降？是井喷式增长后的正常回落，还是某些因素制约了高质量产业技术创新？
是否存在井喷式增长后正常回落的因素尚不得而知，但三家机构的高质量产业技术创新确实受到了制约。这主要是国立科研院所转为独立行政法人后遭遇了一刀切，造成日本国立科研院所的高质量运行受到挑战。
具体来说，三家机构过渡为独立行政法人后，出于确保“效率并有质量”的组织目标，不同机构每年都会基于不同权责、视角对独立行政法人进行绩效考核评价。如针对产综研等科研院所类的独立行政法人，除每年的绩效评价外，独立行政法人评价委员会要从政策视角进行政策评价，行政改革事务局要从行政运营视角进行行政评审，此外，还要基于综合科学技术会议的方针对研发项目进行评价，而且，研究者间还要相互进行评价。
如此这般，每年实施的各种评价让研发一线“疲于备考”，给专心开展研发活动蒙上了阴影，改变评价体制也成为了一个跨越时代的新呼声。如产综研“研究评价评审委员会”早于2004年就指出，重复评价不仅增加了被评价机构的负担，阻碍了独立行政法人的组织运营效率，而且往往会导致混乱，严重损害了评价制度的本意与初衷……机构评价、项目评价、个人评价等各种评价也给每个研究人员增加了庞大的工作量，容易造成研究开发效率的低下。
2005年，日本经济产业省向行政改革的主管单位总务省提交了题为《关于独立行政法人评价等向总务省提出申请》的公函，该公函针对重复评价等问题提出了修正建议。2014年，时任产综研最高顾问、产综研第二任理事长（2009年4月-2013年4月）的野间口有 6在日本众议院内阁委员会会议上表示，法人化带来了很多改善，管理上变得更加容易，人才招聘也更加灵活，但当前独立行政法人制度的效率，是以业务类型为常规型业务的组织为前提设计的，未必适用于研究开发这种，需在长期的不断重复试错中孕育世界最领先知见的组织，他认为存在基本的结构性问题，感觉可能已偏离了独立行政法人追求效率的初衷；此外，产综研的研究员也在论文中指出，因为对研究课题的评价深入到了很小级别的子项目，因此每年要对很多项目进行考核，但这也让评价者与被评价者都承担了过重的事务负担。且由于每个研究课题都有各自详细的目标设定，很难根据研究进展、社会形势的变化，灵活地改变目标设定。
而除有悖初衷的过重评价问题外，相关的经费政策同样也是产综研在追求高质量研发过程中的另一掣肘，其影响同样广泛且深刻。如财政的运营费用拨款每年要按一定比例地削减（一般管理费用、业务费用），让产综研的共同研究、产学研合作面临阻碍；如人力资源经费支出于2006年起每年要按一定比例进行削减（英、美、德、法无此规则），到2009年时该项支出减少了5.31%（2009年相比2005年），这对产综研等的研究人员雇佣产生了较大的影响，不仅不利于吸引卓越的研究人员，也可能造成研究人员产生负面情绪，招致优秀的研究人员离职。日本“首相官邸”官网上一份来自经济产业省产业技术环境局的改革请求报告（2013年）则写道，“由于一般管理费用的减少，产业技术综合研究所为完成目标所必需的管理体制维持几乎已接近极限（设备维护或维修已达到困难的程度）”。
此外，还如财政拨款金额与知识产权收入等外部收入是联动的构造，当外部收入增加，财政拨款会相应地减少（英、美、德、法无此规则），造成外部收入增加缺少激励；还如政府的财政拨款即便在每个中期计划期间（2001年起，产综研每五年制定一次中期计划）产生盈余，但也很难结转到下一个中期计划期间，影响中期计划期间未完结或新订立的共同研究项目的实施；还如产综研“临时采购”的最高额度是按照中央政府机构的标准设定（超过额度要走招标流程，英、美、德、法较为灵活），这远低于东京大学（不同采购类型为东京大学额度1/33～1/4的范围内）的额度和WTO的采购规则（主要项在WTO采购规则额度1/5的水平），造成研发现场难以及时地采购货物和服务，产综研甚至多次出现研发停滞数个月的情况，阻碍了研发活动的顺利推进和优秀成果的产出，也阻碍了产学研合作，对维持产业竞争力产生了重大影响。
过重的评价工作侵蚀了科研工作者的科研时间，经费政策让科研工作束手束脚，除此之外，科研院所与其他独立行政法人一样中长期目标过短（3~5年），总务省过度参与，各省府最高行政长官负责目标设定但对目标履行结果不承担责任，以及上级评价机构的评价人员专业性欠缺等问题，同样也被认为是当时独立行政法人制度有待改革的几个方面。
如这般，针对不同特性机构采用同一种标准，机械地一刀切式的改革措施，并没有促进独立行政法人化后的机构“效率并有质量”地开展事业，特别是对产综研等从事产业技术研发的科研院所来说，反而在跟随政府设定的效率指标过程中与实质上的研发效率渐行渐远。评价法人制度被认为进入了“死胡同”。研发活动能否既有效率又高质量的展开更是备受质疑。
对此，日本农业与食品产业技术综合研究研究机构-昆虫功能控制组首席研究员、日本科学者会议所属国公立试验研究机构问题委员会的委员长在2014年指出，“编入独立行政法人的国立科研院所，在不断被要求提高（运营）效率中出现人手和预算不足，同时也因过度评价而疲惫不堪。独立行政法人制度的矛盾（‘效率并有质量’的目标）正在侵蚀我国的研究机构”。
而值得一提的是，在日本政府不断压缩政府系科研院所相关经费的同时，德国政府对主要科研院所的资金支持大幅增加，德国弗劳恩霍夫应用研究促进协会（下简称德FhG协会）的基本运营经费拨款在2020年为8.45亿欧元，相比1999年时增加了3.6倍，工作人员等也增加了两倍，从2000年的9009人增加到29069人（其中学生7415人、实习生505人），其工作人员数量是目前标榜日本最大综合性科研机构的产综研工作人员的五倍之多。
五、2012年以来日本创新机制的第三次改革：方向与初步效果
1.第三次改革的基本方向
针对独立行政法人制度在运营与组织层面暴露出的种种问题，日本公明党于2010年6月向国会提交了《推动废除独立行政法人制度的法律方案》。2012年1月，时任民主党政府发布《独立行政法人制度和组织修正基本方针》，拟将独立行政法人划分为“成果目标达成型”与“行政执行型”两大类，并根据机构的事业、事务特性因情施策，从根本上修改当时现行的独立行政法人制度。其中，从事研究开发的机构被纳入成果目标达成型独立行政法人组织，并首次提出将“研发成果最大化”作为该类机构的重要政策目标，相对应的采购、外部收入、人才、会计准则、业绩评价、中期目标周期设定等，也将按照可符合在全球第一线开展研发竞争组织的特性进行系统性改革。
2012年末，在新千年伊始推动中央政府“独立行政法人化改革”的自民党重新执政后，虽然对民主党政府的改革方案进行了批判与否定，但有了前期的铺垫，自民党对独立行政法人制度的改革也更大刀阔斧。
首先是在2013年，经济产业省于同年1月对所属独立行政法人的业绩评价进行调整，运营效率项（管理费、人力资源费、采购合同情况）与财务改善项从40%（各20%）的评价占比下调到30%（各15%），具体业务项的占比从50%~60%变更为60%~70%。同年12月，自民党政府决定将独立行政法人划分为国立研究开发法人、中期目标管理法人、行政执行法人（即原独立行政法人）的三个类型，作为独立行政法人顶层制度的《独立行政法人通则法》也迎来修订并于2014年6月获得国会通过（2015年4月1日实施），随之，总务省独立行政法人评价委员会于2015年4月1日被撤销，总务省的角色变更为对各省府最高行政长官制定的目标及其实施的评价结果进行核查等。
而在此过程中，如产综研等科研院所类顺理成章地被归列为国立研究开发法人，并充分考虑研究开发的长期性、不确定性、不可预见性、专业性等特性问题，国立研究开发法人的目标从“效率并有质量”变更为“研发成果最大化”，评价主体从独立行政法人评价委员会变更为最高行政长官，评价重点也随之调整为“研发成果最大化”与“有质量并效率的运营”，目标周期从中期调整为中长期，从3~5年变更为5~7年。
另外，日本通过对比欧美的科研体制找差距——认识到将技术从“创新技术种子阶段”培育到“商业化阶段”的“架桥”体系极为重要，也认识到日本在创新链“架桥”机制方面与欧美相比已非常薄弱。因此在日本《“日本再兴战略”2014年修订版——对未来的挑战》《科学技术创新综合战略（2014）》中，点名要求产综研等要在创新链的“架桥”方面发挥先驱者作用，特别是产综研，在“架桥”与吸引外部资金方面要以德FhG协会为模型，发挥德国创新系统中德FhG协会相近的角色。
此外，日本还于2016年颁布了《关于促进特定国立研究开发法人研究开发的特别措施法》，旨在以更灵活的机制促进“特定”国立研究开发法人在国立研究开发法人中承担起创新火车头的作用，开发出全球最高水准的研发成果并推广应用。最终，产综研、理研、物质与材料机构为认定为特定国立研究开发法人。
2.如何实现研发成果最大化
对于此次改革，最值得关注的是课题选择：要极力去正确预测未来的市场，考量能否在创新链上中下游起到承前启后与架桥的作用，从而推动从基础研究到应用研究再到实用化开发的整个创新链条的成果转化效率。
“研发成果最大化”对日本具有深远的战略意义，因为日本的经济体量远小于美国与我国，加之内需萎缩、人口超老龄化、低生育化以及高福利制度背景下财政早已捉襟见肘，对研发的投入每况愈下，根本无法通过加大研发投入的方式与我国及美国进行科技竞赛，所以日本政府全面推进“研发成果最大化”的一个深层次原因是意欲通过强化国立研究开发法人的“架桥”作用，来提高科技成果转换率、加速高精尖技术种子的商业化，进而弥补科研投入体量的不足。
以产综研为例来看，为实现“研发成果最大化”的第一目标，产综研从2015年起开始以为创新链“架桥”为第一使命，并以产学研的三方融通合作为抓手，与大学/其他国立研究开发法人、企业在创新链、创新细分领域、技术市场营销方面优势互补、密切协作，试图打造出全球最高水准的研究成果。
与此同时，产综研的研发活动进一步目标化、精细化，研发活动被划分为“目的基础研究”“架桥前期研究”和“架桥后期研究”的三大类，并全面向创新链技术就绪指数(TechnologyReadinessLevel,TRL)的2~8级集中。
3.目的基础研究、架桥前期研究与架桥后期研究
所谓“目的基础研究”，是指通过准确把握社会与产业界需求，创造出未来成为架桥助力基础的革新性技术种子的基础研究。目的基础研究与“纯基础研究”（活动介于TRL1-2级）不同，目的基础研究的研究范围是TRL2-4级，要以大学/其他国立研究机构的基础研究（TRL1-2级）为基础，并与大学/国立研究机构的学者共同将科学发现向技术种子、应用研究的新阶段推进。在考核改革上，外部评价委员会根据具体研发成果、论文被引用次数的两项指标进行考核，同时还要根据课题设定的合适度、论文数量、与大学/其他国立研究机构合作情况的三项指标进行监控确认。
而“架桥前期研究”的范围是TRL4~6级，是以目的基础研究为基础的进一步研究。在该阶段，将进一步强化市场预测活动，最终集中以未来3~10年间产业界愿意出资的课题为着眼点。
“架桥后期研究”的范围则是TRL6~8级，在该阶段，从产业界获取的资金额是最主要评价指标，因此该阶段研究基本上是与企业签署共同研究或委托研究后展开。
4.改革初见成效：产综研技术转移收入突破历史最高水平
2015年以来开始实施新改革的效果目前尚无法通过获得表彰的数量来衡量，因为新千年后发明的时间与获奖时间最长仍存在十余年之差。但值得关注的是产综研的专利授权量与技术转移收入情况。其中，产综研的年度专利授权量在2017年以后持续下降，2021年仅为301件，处于历史最低水平。然而，技术转移收入却自2017年后整体处于2001年以来最高水平的时期（2020年出现大幅下降可能与疫情有关），并且在2021年达到15.66亿日元（注:同期，理研的技术转移收入也达到历史最高水平，见图8），而且转年的2022年也是高达8.74亿日元，居于2001年以来的第二位。
为何在年度专利授权量处于历史最低水平的时期，技术转移收入却实现了历史最高水平？其中一种可能性是专利质量大幅提升，高质量专利下，技术转移收入大幅提升。或许是尝到了改革的果实，于2020年担任产综研理事长的石村和彦（原日本旭硝子公司社长、会长）在2023年接受日本媒体采访时表示，产综研于2023年实施了试验发展占30%、应用研究占50%、基础研究占20%的新经营方针。这一新举措的效果会怎样，外界拭目以待。
注：
1.Eisenberg,RebeccaS，专利与科学进步：专有权和实验使用，U.Chi.L.Rev.56(1989)；
2.理化学研究所史编辑委员会，理研精神八十八年，独立行政法人理化学研究所，2005.3；
3.日本“基础研究搭便车”一词最早是由谁提出尚不知晓，但撒切尔夫人应该确实也说过这句话，并让日本人铭记于心。如原东京大学工学部部长、时任日本文部省学术信息中心中心长的猪濑博在1987年召开的一次国会上表示，“如各位所知，基础研究在我国一直被轻视，其他国家也是这么认为的。撒切尔首相的（日本）基础研究搭便车的观点非常有名，无论走到哪里，外国人一开口，最先谈的就是这个。我经常听到说，日本人搭别人基础研究成果的便车，专心做应用研究和商业化，从而垄断了世界市场……（第109回国会众议院科学技术委员会第3号，昭和62年8月27日）”。另外，时任日本邮政省通信研究所次长的横山光雄在1995年发表的文章中也有提及，“英国首相撒切尔访日时主张的日本基础研究搭便车的观点很有名”；
4.日本第98回国会 众议院大藏委员会 第13号，1983年3月23日；
5.经济产业省官网。
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